En 1872 Yushin Fukuhara, un ex farmacéutico de la Armada Imperial Japonesa decidió abrir una farmacia llamada Shiseido en el popular barrio de Ginza de Tokio. La particularidad de esta farmacia es que era de estilo occidental, y su idea nació de un viaje de Fukuhara por Estados Unidos y Europa. Así que, influenciado por occidente y luchando contra las antiguas tradiciones niponas, Fukuhara empezó a experimentar con diferentes productos farmacéuticos para conseguir productos nuevos y más eficaces.
En 1888 Shiseido introdujo la primera pasta de dientes de Japón, más efectiva que los polvos dentales existentes, obteniendo una gran aceptación entre la población.
En 1897 la empresa empezó a experimentar con productos cosméticos y así nació Eudermine, la primera loción suavizante creada para contrarrestar la intoxicación por plomo que padecían las mujeres japonesas al utilizan maquillaje con base de este elemento. Eudermine aún se vende en todo el mundo.
Sisheido rompe también con el tradicional maquillaje blanco de las japonesas al introducir, en 1906, el Skin-Tone Face Powder, unos polvos faciales de color carne que sería el antecesor del polvo facial Rainbow (1917), que poseía una gama cromática de siete colores y que supuso un gran éxito en Japón.
En 1918 Shiseido entra en el mundo de la perfumería con sus primera fragancia inspirada en flores del Japón. De nuevo, Shiseido innovaba creando unos envases distintivos e intemporales.
A partir de aquí, la empresa decide ampliar sus instalaciones y en 1927 se convierte en sociedad anónima. Cuando Sisheido ya domina completamente el mercado japonés, la empresa decide expandirse, y así, en 1957, comienzan las ventas en Taiwan, Singapur y Hong Kong.
En 1962 Shiseido se introdujo en Estados Unidos, concretamente en Hawai, y tres años más tarde ya se estableció en el contiente con la Shiseido Cosmetics América. En Europa comenzó a vender a través de Italia en 1968, y en 1971 se introdujo también en Oceanía.
Actualmente Sisheido está consolidada como una marca vanguardista y que apuesta por la innovación tecnológica. Fueron los primeros que, en 1985, produjeron hialuronato de sodio (ácido hialurónico) a partir de fuentes de origen no animal, y desde entonces, sus innovadores productos le han llevado a ser una de las firmas más valoradas dentro de la cosmética internacional.